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Séminaire


Devenir des antibiotiques, flux de gènes et de bactéries antibiorésistantes (Projet FLASH)

Date
June 21, 2013  11 am

Lieu
Salle de Conférences, ISM, 3ème étage Est, Bât. A12, Université de Bordeaux

Intervenant(s)
Fabienne Petit, UMR M2C, Université de Rouen

Résumé
Le développement de la résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. L'utilisation importante des antibiotiques en médecines humaine et animale, et comme facteur de croissance en élevage (utilisés en France jusqu'en 2006 ; http://afssaps.sante.fr/pdf/5/rapport_vente_medicament_chiffre_2006.pdf), est considérée comme la raison principale de l'accroissement de la résistance bactérienne aux antibiotiques, et de la contamination des eaux environnementales par les antibiotiques et leurs produits de dégradation Le rejet de bactéries antibiorésistantes et de molécules antibiotiques dans les eaux est un enjeu sociétal, étroitement lié aux usages et à la perception du risque des praticiens hôspitaliers et vétérinaires.
L'objectif du projet Flash était d'améliorer les connaissances sur le devenir et la dynamique des antibiotiques (persistance dans le milieu, attachement aux particules) et des souches antibiorésistantes d'Escherichia coli (devenir, structure des populations, transfert des gènes) rejetés dans le milieu aquatique, en relation avec les pratiques en médecines humaine et vétérinaire. Ce projet a été mené à deux échelles géographiques. Afin d'étudier finement la relation entre la consommation en antibiotiques (usage vétérinaire et humain) et l'occurrence de bactéries antibiorésistantes et de molécules antibiotiques dans les eaux, une partie de l'étude s'est effectuée à l'échelle d'un continuum rural et d'un continuum hospitalier, dont les eaux se rejettent dans un affluent de la Seine (La Risle). L'interprétation interdisciplinaire des données et la stratégie d'échantillonnage ont permis une analyse spatialisée de la contamination en antibiotiques et en E. coli antibiorésistantes dans les eaux. Les résultats montrent qu'il n'existe pas de relation simple entre les phénotypes de résistances des souches d'E. coli et d'Enterococcus isolées dans les eaux, la contamination en antibiotique du milieu et les prescriptions. Le long du continuum hospitalier la contamination en antibiotiques résulte à la fois de la prescription médicale (type de molécule et période épidémique), de la persistance dans les eaux des antibiotiques et/ou de leurs métabolites, et des facteurs hydrologiques (débits). Des rejets hospitaliers jusqu'à la Risle, la contamination diminue alors que le long du continuum agricole, l'évolution quantitative et qualitative de la contamination, reflète de l'amont vers l'aval, le gradient d'anthropisation croissant, exercée par les élevages bovins et la densité humaine. Les antibiotiques les plus fréquemment détectés sont les molécules les plus persistantes (fluoroquinolones, sulfamides, macrolides) mais leurs concentrations restent trop faibles (de l'ordre du ng.L-1) pour exercer une pression de sélection sur les microorganismes. L'occurrence de souches d'E. coli et d'Enterococcus antibiorésistantes dans les eaux résulte de la pression de sélection exercée lors des traitements médicamenteux chez l'homme et des pratiques d'élevages. Le long du continuum hospitalier, le nombre de souches hospitalières porteuses de supports génétiques impliqués dans l'antibiorésistance (intégrons, gène erm) décroit le long du continuum au profit de souches mieux adaptées à l'environnement. Pour des niveaux équivalents de contamination, la structure des populations d'E. coli évolue le long des deux continuum, et est informative de l'origine humaine ou animale de la contamination.

Ratajczak et al., 2010, BMC Microbiol
Laroche et al, 2010, J.Hydrol
Oberlé K. et al, 2012, Env. Sci. Technol
Leclercq R. et al, AEM, 2013 Sous presse
Berthe T.et al. AEM, 2013 sous presse
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